Shenmue II è ambientato in quattro zone principali:
il porto di Aberdeen, Wan Chai, Kowloon e Guilin. La storia continua l’avventura del 18enne lottatore di arti marziali Ryo Hazuki nel cercare Lan Di, il misterioso cinese che uccise suo padre e rubò uno strano specchio con un disegno di un drago.
All’inizio, l’obiettivo principale di Ryo è di trovare il Maestro Lishao Tao e di imparare da lui che avrebbe potuto aiutarlo per trovare Yuanda Zhu, come spieganto verso la fine del primo episodio. Yuanda Zhu, d’accordo con Master Chen, può aiutare Ryo a trovare Lan Di. Nel mezzo della ricerca di tracce per trovare Tao, Ryo conosce dei lavoratori del porto di Aberdeen e scopre l’esistenza di una gang chiamata The Heavens.
Ryo incontra Lishao Tao, che si scopre essere una donna chiamata Xiuying, che permette a Ryo di stare con lei e gli insegna grandi cose a proposito delle arti marziali e a proposito di sé stesso. Inoltre prova a dimostrargli che non ha possibilità di sconfiggere Lan Di e che la sua avventura è destinata a finire male.
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