In Heatseeker ci troviamo ad impersonare “DownTown”, nome in codice di un pilota membro del Consiglio Internazionale, organizzazione fittizia dedita al controllo e alla salvaguardia del sistema politico internazionale. Il gioco inizia con un attacco terroristico coperto in diretta da un’emittente televisiva e veniamo subito catapultati nel mezzo dell’azione.